Το Αρχιπέλαγος συνεχίζει να δίνει καθημερινά μάχη για να καλύψει το μεγάλο κενό που υπάρχει στην επιστημονική έρευνα της μοναδικής νησιωτικής βιοποικιλότητας του Αιγαίου, ενώ παράλληλα καταγράφει και προσπαθεί να προωθήσει λύσεις στα τεράστια περιβαλλοντικά προβλήματα που αντιμετωπίζουν τα θαλάσσια και χερσαία νησιωτικά οικοσυστήματα. Σε αυτή την προσπάθεια συμβάλλει αποφασιστικά η δυναμική, πολυεθνική ομάδα ερευνητών του Αρχιπελάγους (την ομάδα πλαισιώνουν ερευνητές από όλον τον κόσμο, Ιαπωνία, Καναδάς, Αγγλία, Γαλλία, Ουγγαρία, Αυστραλία, Μεξικό κ.α) που με αυταπάρνηση εργάζεται διαρκώς για την προστασία και προβολή του φυσικού πλούτου της Ελλάδας.
Σε αυτό το πλαίσιο συνεχίζονται καθημερινά – παρόλο που βρισκόμαστε στην καρδιά του χειμώνα και οι καιρικές συνθήκες επιδεινώνονται – οι ερευνητικές δραστηριότητες του Αρχιπελάγους στα πεδία της ωκεανογραφίας, της καταγραφής της αλιευτικής παραγωγής και της παρατήρησης/καταγραφής των πληθυσμών θαλάσσιων θηλαστικών στο ανατολικό Αιγαίο.
Η ωκεανογραφική έρευνα, συνεχίζεται με έμφαση στη χαρτογράφηση των θαλάσσιων λιβαδιών Ποσειδωνίας που υλοποιείται με σύγχρονα τεχνολογικά μέσα (echo-sounder, σόναρ, ρομποτική κάμερα υψηλή ευκρίνειας), καθώς επίσης και με καταγραφές που γίνονται με συνδυασμό αυτόνομης και ελεύθερης κατάδυσης. Η ερευνητική ομάδα εργάζεται διαρκώς και αντλεί καθημερινά πληροφορίες γύρω από την κατάσταση που επικρατεί στα προστατευόμενα και παραγωγικά θαλάσσια ενδιαιτήματα στις περιοχές έρευνας επεκτείνοντας συνεχώς το πεδίο έρευνας (ΒΑ Αιγαίο & Β. Δωδεκάνησα).
Παράλληλα, πραγματοποιείται σε καθημερινή βάση, τα τελευταία δύο χρόνια, η καταγραφή της αλιευτικής παραγωγής στην περιοχή της ΝΔ Σάμου. Ακόμα και υπό αντίξοες καιρικές συνθήκες ερευνητές του Αρχιπελάγους βρίσκονται από τα ξημερώματα στα καΐκια και σε συνεργασία με τους παράκτιους αλιείς καταγράφουν καθημερινά την παραγωγή και σύνθεση των αλιευμάτων (τόσο αυτών που αλιεύονται νόμιμα, όσο και – εμπιστευτικά – αυτών που αλιεύονται παράνομα – για να μπορέσει να σχηματιστεί μία πραγματική εικόνα της παραγωγής και των επιπτώσεων της παράκτιας αλιείας).
Στόχος της έρευνας είναι η ανάπτυξη ενός πιλοτικού πλαισίου συνδιαχείρισης και ελέγχου των αλιευτικών δραστηριοτήτων, αλλά και η σχεδίαση της πρώτης στην Ελλάδα, συνδιαχειριζόμενης προστατευόμενης περιοχής αλιείας, στην οποία οι τοπικές κοινωνίες, θα έχουν λόγο στις αποφάσεις που λαμβάνονται για τη διαχείριση των ιχθυαποθεμάτων τους. Η στενή και καθημερινή συνεργασία του Αρχιπελάγους με τους αλιείς της περιοχής και με την τοπική αυτοδιοίκηση είναι βασική προϋπόθεση για την αποδοχή και ανάπτυξη ουσιαστικών μέτρων αειφόρου διαχείρισης. Η πιλοτική εφαρμογή του παραπάνω πλαισίου προστασίας στοχεύει πέρα από την περιοχή της Σάμου, να έχει μετέπειτα άμεση εφαρμογή και σε άλλες περιοχές των ελληνικών, ενώ το συγκεκριμένο μοντέλο απέχει παρασάγγας από τις θεωρητικές προσεγγίσεις που σχεδιάζονται εν τη απουσία, και συχνά εν αγνοία των άμεσα ενδιαφερομένων κοινωνικών εταίρων (στην προκειμένη περίπτωση των αλιέων).
Στο πεδίο της παρατήρησης – καταγραφής πληθυσμών θαλάσσιων θηλαστικών και μελέτης της συμπεριφοράς τους η έρευνα καλύπτει μία μεγάλη περιοχή του κεντρικού και ανατολικού Αιγαίου. Εκτός από τη σταθερή παρακολούθηση των πληθυσμών, η έρευνα επικεντρώνεται τα τελευταία δέκα χρόνια στις φάλαινες φυσητήρας, στο υπό εξαφάνιση κοινό δελφίνι (ομάδες του οποίου έχουμε υπό παρακολούθηση στα βόρεια Δωδεκάνησα), στα ζωνοδέλφινα (οι υγιείς και πολυπληθείς ομάδες μεταξύ Ικαρίας και Χίου συνιστούν ένα αισιόδοξο μήνυμα), στα ρινοδέλφινα (οι πληθυσμοί των οποίων συρρικνώνονται με ανησυχητικούς ρυθμούς), και στις εναπομείνασες Μεσογειακές φώκιες.
